这些年来，丹麦的化肥和农药使用量一直显下降趋势。
过量的肥料积聚在土壤中，对植物生长也极为不利。以氮肥为例。氮肥是促成植物生长的最重要养分，但在施入土壤以后，只有一部分通过农作物的根茎被吸收，其他的则在土壤中积聚。如果积聚得太多，就会对农作物的生长起到很大的负面作用。此外，氮肥积聚过多，对块根、块茎类作物，则会令其地上部生长旺盛，地下块根、块茎小而少，淀粉和糖分含量下降且不耐贮藏；对叶菜类作物来说，则会令叶菜组织柔软多汁且不耐贮藏。
1986年，丹麦制定了第一个“农药作用计划”，确定在1997年之前，将农药的使用量减少50%。但是，由于该计划受到相当部分的农场主反对，因此，效果并不显著。上世纪90年代初农业部门的检查发现，农场主使用农药一共是213种，但只有78种是经过批准的。到了1996年，丹麦政府果断引入了农药税。对农药的征税率为54%，除草剂与杀菌剂的征税率为33%，立竿见影的效果显现了。多年来，农药和化肥在丹麦的销售和使用，须经过政府部门许可，各项指标绝对不允许超标。丹麦政府还在2012年11月通过了一项新的行动计划，打算在未来三年内把农药对环境的负面影响再降低40%。这一计划包括对农药的使用采取更高的标准和更严格的检查，具体措施达52项之多。
目前，丹麦已经形成了以养殖、种植和加工为重点的现代化农业产业链，而且分工明确。不同分工的人只用做好自己的工作。有机农场也有非常专业分工，比如专种茄果类蔬菜的markhaven农场，只种叶菜的vigerslev农场。政府也采取联营体系，每个农场主都是行业会员，整个行业里要风险共担，利益共享。
